U cilju što kvalitetnijeg rada, Centar je među prvim laboratorijama s ovoga prostora prepoznao značajnost primene ISO standarda u svom radu. Još pre sedam godina započet je rad na njegovoj primeni. Jugoslovensko akreditaciono telo JUAT utvrdilo je da ispunjava uslov o akreditaciji laboratorije za ispitivanje u skladu sa JUS ISO/IEC Uputstva 25 i EN 45001, što je i potvrđeno rešenjem br 01-14/2001 od 11. septembra 2001. godine. Borba za kvalitet nema kraja, te je tako laboratorija svoj rad i dalje unapređivala i standardizovala u skladu sa zahtevima 17025 i od Akreditacionog tela Srbije i Crne Gore dobila je rešenje o akreditaciji br. 01-016/1 od 16. oktobra 2003. godine. Obim akreditacije laboratorije Centra je veliki kako po vrstama namirnica koje se ispituju, tako i po parametrima ispitivanja.

U cilju provere tačnosti dobijenih rezultata laboratorijskih ispitivanja, što je jedna od obaveza u sprovođenju kvaliteta rada, Centar učestvuje u međulaboratorijskim uporednim ispitivanjima (Laboratory Proficiency Testing) kako u inostranstvu, tako i u našoj zemlji. redovno učestvuje u međulaboratorijskim ispitivanjima Centralne naučne laboratorije (Central Science Laboratatory) iz Velike Britanijekoje u okviru programa FAPAS, švedske nacionalne agencije za hranu (Swedish National Food Administration) u okviru programa Food Chemistry i Norveškog Instituta za ispitivanje hrane i životne sredine (Norwegion Institute for Food and Environmental Analysis) iz Osla u okviru programa Food Microbiology. Od međulaboratorijskih ispitivanja u našoj sredini treba pomenuti ispitivanja koja organizuje Sekcija sanitarne hemije pri Farmaceutskom društvu Srbije. navedenim uporednim ispitivanjima dobijeni rezultati pokazali su najviši stepen tačnosti, čime se Centar svrstava u red pouzdanih laboratorija.

Imajući u vidu Strategiju u oblasti bezbednosti hrane, Centar u saradnji s nemačkom firmom “Biolab” pruža usluge implementacije Sistema analize rizika i kontrole kritičnih tačaka - HACCP (Hazard Analysis and Critical Control Point) proizvođačima i distributerima sirovina za proizvodnju namirnica, namirnica i hrane. kao i turističko-ugostiteljskim objektima.